Непрерывное образование

Стриатус — это необычное заболевание, обычно наблюдаемое у детей, которое проявляется в виде приподнятых розовых папул, которые сливаются, образуя одну или несколько линейных, потенциально чешуйчатых полос вдоль линий Блашко. Стриатус доброкачественный, проходит самостоятельно и не требует обширных исследований или лечения. В этом упражнении описываются рекомендации по патофизиологии, оценке и лечению полосатого лишая и подчеркивается роль межпрофессиональной группы в ведении пациентов с этими кожными поражениями.

Целей:

• Определите этиологию полосатого лишая.
• Опишите состояние пациента с полосатым лишаем.
• Объясните, что нужно учитывать при лечении полосатого лишая.
• Опишите стратегии межпрофессиональной группы для улучшения координации оказания медицинской помощи и коммуникации, чтобы продвинуть диагностику и лечение полосатого лишая и улучшить результаты.

Введение

Стриатус (LS) встречается редко и чаще всего встречается у детей. Он представляет собой розовую сыпь с приподнятыми пятнами, которые образуют единичные или множественные тускло-красные, потенциально чешуйчатые линейные полосы, которые влияют на линии Блашко. Хотя эти линии обычно невидимы, такие заболевания, как полосатый лишай, могут выявить их. [1] [2] [3]

Этиология

Точная причина этого состояния неизвестна, хотя было высказано предположение, что генетические факторы и / или триггеры окружающей среды могут играть роль.Одна из теорий — атопия, состояние, при котором пациенты имеют генетическую предрасположенность к аллергическим реакциям. В одном исследовании исследователи отметили, что 85% пациентов, страдающих полосатым лишаем, в семейном анамнезе имели аллергические заболевания, например атопический дерматит, астму или аллергический ринит. статистически значимый вывод. Другое исследование предполагает аутоиммунный ответ на беременность, при котором сама беременность вызывает аутоиммунный ответ.Другая возможная связь может быть связана с витилиго, состоянием, при котором на определенных участках кожи отсутствует пигмент. Также было высказано предположение, что состояние возникает после лечения препаратами адалимумаб и этанерцепт и как его следствие. В других сообщениях полосатый лишай упоминается как воспалительное заболевание, опосредованное Т-клетками. [4] [5] [6]

Другая теория этиологии полосатого лишая состоит в том, что это вызвано факторами окружающей среды. Например, были вспышки среди детей, не являющихся родственниками и живущих в общей среде проживания.Связь с его вирусным последствием также была высказана из-за повышения уровня интерлейкина 1-бета в образцах биопсии таких пациентов с полосатым лишаем, хотя не было обнаружено убедительных доказательств, подтверждающих это открытие полностью.

Вспышки также произошли после вакцинации против бациллы Кальметта Герена (БЦЖ) и гепатита В, у пациентов, подвергшихся воздействию ультрафиолетовых (УФ) лучей через солярий, после того, как пациент сорвал лист ананаса, после укуса шмеля и после ветряной оспы. и инфекция гриппа.

Другое исследование предоставило доказательства, подтверждающие, что полосатый лишай является результатом эпигенетического мозаицизма, при котором индивидуум демонстрирует популяции клеток с разными генотипами. В этом исследовании предполагается, что пациент со стриатусом имеет генетическую предрасположенность. Состояние запускается «иммунологической реакцией на инфекцию», и это приводит к каскаду событий, включая метилирование или деметилирование части «частично заглушенного геномного элемента».Также сообщалось, что полосатый лишай возникает в результате вирусной инфекции, вызванной вирусом герпеса 6 и 7.

Эпидемиология

Более 50% диагностированных случаев приходится на детей в возрасте от 5 до 15 лет. Это редко встречается у взрослых. Это называется приобретенным блашкоидным дерматитом. Не существует расовой предрасположенности к стриатузу и человеку. Некоторые исследования показали, что у девочек это заболевание встречается в 2-3 раза чаще, чем у мальчиков, в то время как многие другие показали равное половое распределение.Нет единого мнения о сексуальной предрасположенности к этому заболеванию.

Патофизиология

Поражения при полосатом лишае начинаются с небольших розовых, телесных или красных пятен, которые могут выступать вверх. В течение примерно 1-2 недель эти пятна начинают соединяться, образуя тусклую красную линейную полосу. Эти линии могут быть слегка чешуйчатыми. Сама полоса часто составляет от 2 до 2 см в ширину и несколько сантиметров в длину или равна длине конечности, на которую она влияет.Иногда можно увидеть две параллельные полосы рядом. Обычно они наблюдаются на одной из основных конечностей, например, на руке или ноге, но также могут быть замечены на шее, ягодицах или туловище. Легкий или сильный зуд часто является единственным сопутствующим симптомом. Хотя ногти встречаются реже, они также могут поражаться с наличием кожных повреждений или без них и могут становиться толстыми, ребристыми, трещинами или, возможно, выпадать.

Гистопатология

Стриатусный лишай демонстрирует гистологический паттерн воспаления, известный как лихеноидный инфильтрат эпидермиса, а именно: диффузную эпидермальную гиперплазию (акантоз).Также может быть несколько меланофагов, присутствующих в самом верхнем слое дермы, и апоптотические кератиноциты также обычно наблюдаются по всему эпидермису. Инфильтрат обычно распространяется на эккринные структуры.

История и физика

Стриатус лихена первоначально проявляется как спонтанное высыпание розовой сыпи с приподнятыми пятнами (папулы), которые объединяются, образуя единственную или множественную тускло-красную, потенциально чешуйчатую, линейную полосу, которая поражает линии Блашко.Это отчетливый узор из линий на коже, который не связан с нервной или кровеносной системами. Они часто возникают на конечностях, но также могут наблюдаться на ягодицах, шее и туловище. Состояние часто протекает бессимптомно, но в некоторых случаях у пациентов наблюдается зуд. Поражения часто проходят сами по себе; хотя в некоторых случаях может возникнуть поствоспалительная гиперпигментация или гипопигментация. [7] [8] [9] [10]

Оценка

Стриатусный лишай может быть диагностирован по его конкретному клиническому виду и гистопатологическим паттернам с помощью биопсии кожи.

Лечение / менеджмент

Лечение не требуется из-за самоограничивающегося характера состояния. Однако, если пациент обращается за лечением, можно использовать смягчающие средства, низкие дозы системных кортикостероидов, короткий курс ацитретина, а также местные стероиды для лечения сухости или зуда. Другие методы лечения включают фотодинамическое лечение с использованием аминолевулиновой метиловой кислоты. Такролимус и пимекролимус также можно использовать для лечения стойких и зудящих поражений на лице, руках и ногах.Аномалии ногтей можно лечить такролимусом.

Дифференциальная диагностика

Клиническая картина полезна. Стриатус должен быть дифференцирован от красного плоского лишая или кератоза, похожего на красный плоский лишай, при котором апоптотические кератиноциты ограничиваются базальным эпидермисом, а не распространяются на все уровни эпидермиса. Инфильтрат обычно не затрагивает эккринные железы.

Должно быть исключено следующее:

• Nevus unius Lateris
• Кольцевидный лихеноидный дерматит
• Односторонняя латероторакальная экзантема
• Опоясывающий лишай Corporis
• Воспалительный линейный бородавчатый эпидермальный невус
• Линейная болезнь Дарье
• Лишайник Nitidus
• Красный плоский лишай
• Лишайник симплексный хронический
• Негенитальные бородавки
• Псориаз бляшек
• Порокератоз

Прогноз

Из-за его самоограничивающего характера прогноз ЛС отличный, ожидается полное выздоровление.Обычно он полностью проходит самопроизвольно в течение года, но может пройти в течение 4 недель — 3 лет. Рецидивы редки. Ногтевой компонент этого состояния обычно проходит самостоятельно и может длиться от 6 месяцев до 5 лет. Когда он рассасывается, он проходит без каких-либо остаточных деформаций.

Осложнения

Осложнения немногочисленны и редки. Поствоспалительная гиперпигментация и гипопигментация могут сохраняться в течение нескольких месяцев или лет после разрешения состояния.

Улучшение результатов команды здравоохранения

Стриатус — редкое поражение кожи у детей. Диагноз клинический, сыпь доброкачественная. Медицинские работники, включая фармацевтов и медсестер, которые принимают таких пациентов, не должны прибегать к ненужному лечению, потому что состояние проходит само. Некоторые пациенты с кожным зудом могут получить пользу от топических стероидов.

Результаты отличные.

границ | Дивергированные и активные партитивирусы в лишайнике

Введение

Лишайник — это симбиотический микробный консорциум, который в основном состоит из гриба (микобионт) и фотосинтетического партнера (фотобионт), либо зеленых водорослей (Viridiplantae), либо цианобактерий, либо тех и других, содержащих хлорофилл.Фототрофный партнер скармливает грибку органическими соединениями. Напротив, гриб защищает мельчайшие фотосинтезирующие клетки от стрессов окружающей среды, таких как засуха и недостаток питательных веществ, и обеспечивает подходящую среду для фотосинтеза и газообмена (White and Torres, 2009). В общем, эти организмы образуют тонкие структуры и стратификацию слоевища лишайника с другими микроорганизмами, включая эндофитные грибы, другие водоросли и бактерии. Например, в слоевище типичного листового лишайника обнаруживаются четыре зоны переплетения грибковых нитей (Moore et al., 2020). Самая верхняя зона, называемая корой, образована плотно переплетенными гифами, образующими внешний защитный тканевый слой. Клетки водорослей находятся в зоне под корой, встроенной в плотную ткань гиф. Третья зона, называемая мозговым веществом, образована слабо переплетенными гифами грибов без клеток водорослей. Нижняя поверхность слоевища называется нижней корой и может состоять из плотно упакованных гиф грибов. Примечательно, что недавно было сообщено об эндосимбиотическом взаимодействии; Клетки зеленых водорослей могут проникать в клетки грибов при определенных условиях (Du et al., 2019). Учитывая, что патогенные и мутуалистические биотрофные взаимодействия между растениями и грибами обычны на Земле (Kohler et al., 2015), взаимодействие растений и зеленых водорослей и грибов имеет давнюю историю (Remy et al., 1994; Honegger et al., 2013; Lutzoni et al., 2018; Nelsen et al., 2020).

РНК-вирусах, связанных с лишайником. Частичные последовательности Cytorhabdovirus (семейство Rhabdoviridae ) и вируса мозаики Apple (семейство Bromoviridae ) были обнаружены с помощью ОТ-ПЦР из лишайников (Petrzik et al., 2013). Кроме того, из Chrysothrix chlorina и Lepraria incana были идентифицированы Chrysothrix chrysovirus 1 (семейство Chrysoviridae ) и Lepraria chrysovirus 1 (семейство Chrysoviridae ), сопутствующие лишайники и Chrysothrix chlorina и бывшие гриб в лишайнике путем гибридизации in situ (Petrzik et al., 2019). Хотя эти исследования выявили присутствие РНК-вирусов в лишайниках, вирусное сообщество РНК в лишайниках до сих пор неизвестно.В этом исследовании мы идентифицировали вирусы, относящиеся к семейству Partitiviridae . Partitiviridae — это двусегментированные вирусы дцРНК, которые инфицируют растения, грибы или простейшие. В этом семействе было установлено пять вирусных родов ( Alphapartitivirus , Betapartitivirus , Gammapartitivirus , Deltapartitivirus и Cryspovirus ). Среди них хозяева Gammapartitivirus и Deltapartitivirus идентифицированы как грибы и растения соответственно, а некоторые виды в Alphapartitivirus и Betapartitivirus заражают грибы или растения (Nibert et al., 2014).

Метагеномный подход — мощный инструмент для понимания разнообразия РНК-вирусов (Shi et al., 2016, 2018). На сегодняшний день создано несколько методов построения библиотек (мета) геномного секвенирования из вирусных геномов РНК, которые применяются к образцам окружающей среды (Culley et al., 2006; Roossinck et al., 2010; Steward et al., 2013; Urayama et al. ., 2016, 2018b; Decker et al., 2019). Среди них секвенирование фрагментированной и лигированной праймером дцРНК (FLDS) имеет замечательные преимущества при конструировании полных вирусных геномов (Urayama et al., 2018а; Фукасава и др., 2020; Kadoya et al., 2020). В этом исследовании мы применили методы dsRNA-seq и ssRNA-seq для выяснения разнообразия РНК-вирусов, связанных с лишайником.

Материалы и методы

Сбор проб

Образцы лишайников на песчаной грязи в Тойя-мати, Тояма (36,7007 ° с.ш. и 137,2475 ° в.д.) были взяты в феврале 2019 г. (Рисунок 1). Образец хранили при -80 ° C до дальнейшего анализа. Ваучер на этот лишайник не сохранился из-за качества хранимых образцов.

Рисунок 1. Сообщество лишайников, образцы которого были взяты в данном исследовании.

Экстракция и очистка дцРНК и оцРНК

Образец лишайника разрушили в ступке жидким азотом. Для выделения и очистки дцРНК использовали набор ISOVIRUS (Nippon Gene, Токио, Япония). Вкратце, тотальную РНК экстрагировали в буфере для экстракции, а дцРНК очищали целлюлозной смолой и элюировали водой, свободной от нуклеаз, после обработки ДНКазой I в соответствии с протоколом производителя.Для получения общей РНК использовали набор для очистки TRIzol Plus RNA Purification Kit (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) в соответствии с протоколом производителя. Тотальную РНК обрабатывали ДНКазой I (Invitrogen) и дополнительно очищали с использованием набора RNA Clean and Concentrator-5 (Zymo Research, Orange, CA, США).

Создание библиотеки для синтеза и секвенирования кДНК

В этом исследовании мы применили FLDS для получения вирусных последовательностей РНК. дцРНК, которая является молекулярным маркером заражения РНК-вирусом, используется в качестве матрицы для синтеза кДНК, поскольку клеточная длинная дцРНК является репликативным промежуточным продуктом вируса оцРНК, а также геномом вируса дцРНК.Одновременно с этим синтезируется полноразмерная кДНК, применяя активность обратной транскриптазы по переключению матрицы с олигонуклеотидным праймером против адаптерно-лигированных фрагментов дцРНК, что позволило нам получить полные последовательности генома не-ретро РНК вирусов.

После сборки de novo и реконструкции полноразмерных сегментов генома в общей сложности 65 операционных таксономических единиц (OTU), кодирующих RdRp (> 1.5 т.п.н., <90% идентичности между этими последовательностями) были идентифицированы из библиотеки dsRNA-seq (дополнительная таблица 1 и описана ниже) с использованием BLASTX против базы данных NCBI nr и программы поиска CDD. Примечательно, что только одна последовательность, кодирующая RdRp (> 1,5 т.п.н.), была идентифицирована из библиотеки ssRNA-seq, которая была из Lichen partiti-подобного РНК вируса 1 (LpaRV1) (описана ниже). Таксономические линии наиболее удачных последовательностей BLASTX (значения e в диапазоне от 2 × 10 ^–30 до 0) предполагают, что 17 из 65 OTU связаны с Partitiviridae .Кроме того, вирусы, относящиеся к семи семействам вирусов дцРНК ( Amalgaviridae , Botybirnaviridae, Chrysoviridae , Endornaviridae , Megabirnaviridae , Megabirnaviridae , семейства Picobirnaviridae , вирус Gybirnaviridae и вирус Gybirnaviridae и Narnaviridae ), а также одно неклассифицированное семейство РНК-вирусов ( Polymycoviridae ) (рис. 3).

Рисунок 3. Богатство OTU на основе таксономической линии наиболее популярных последовательностей в BLASTX.

Среди 65 OTU семь полноразмерных сегментов генома, оба конца которых были определены как концевые на основе информации о картировании считывания (Urayama et al., 2018b), показали относительно высокий средний охват считыванием (> 1000 ×) (Рисунок 4A) и занимал 94% среднего покрытия чтения кодирующих RdRp OTU в библиотеке dsRNA-seq. В библиотеке ssRNA-seq семь сегментов также занимали 87% среднего покрытия чтения OTU, кодирующих RdRp (рис. 4A).Таким образом, вирусы, несущие семь доминантных последовательностей RdRp, были определены как доминирующая вирусная популяция РНК в образце лишайников, и дальнейшие анализы были сосредоточены на этих вирусах. Классификация считываний секвенирования, полученных с помощью FLDS, приведена в таблице 1.

Рис. 4. Обзор основных РНК-вирусов, выявленных в образце лишайников. (A) Среднее покрытие основных сегментов, кодирующих RdRp, в библиотеках dsRNA-seq (левая ось, черная полоса) и ssRNA-seq (правая ось, серая полоса). (B) Организация реконструированных вирусных геномов основных РНК. Домены, идентифицированные поиском CDD, показаны в открытых рамках считывания (прямоугольник). Логотипы последовательностей представляют собой сходство последовательностей для 5′- или 3′-концевой области предсказанных сегментов генома.

Предполагаемые полные наборы геномов, кодирующие эти семь доминантных последовательностей RdRp, были реконструированы (рисунок 4B и дополнительная таблица 2). Терминальные последовательности сегментов генома являются общими для сегментов одного вирусного генома в некоторых вирусных линиях РНК (Hutchinson et al., 2010). Таким образом, мы реконструировали предполагаемые наборы геномов на основе концевых последовательностей полноразмерных сегментов генома, полученных методом dsRNA-seq FLDS. В результате 84% считываний обрезанной дцРНК (таблица 1; дополнительная таблица 2) были сопоставлены с этими основными вирусными геномами РНК. На основе таксономической классификации РНК-вирусов, пользующихся наибольшим успехом при поиске BLASTX с использованием целых сегментов генома в качестве запрашиваемых последовательностей, эти вирусы были названы LpaRV1-6 и Lichen RNA virus 1 (LRV1). Однако мы не смогли различить наборы генома LpaRV3-6, потому что сегменты генома, кодирующие их RdRps, имеют общие концевые последовательности.Примечательно, что последовательности генома LRV1 не были обнаружены среди считываний оцРНК, хотя LpaRV1-6 также были обнаружены (рис. 4А).

LpaRV и LRV1

геномов LpaRV1-6 состоит из двух-четырех сегментов генома, кодирующих RdRp, белок оболочки (CP) и дополнительные неизвестные белки. Структуры генома LpaRV1-6 напоминают структуры партитивирусов, которые, как известно, имеют двусегментированный геном, кодирующий RdRp и CP в каждом сегменте (Nibert et al., 2014). Филогенетический анализ последовательностей RdRp также подтвердил, что LpaRV1-6 являются членами семейства Partitiviridae (Figure 5).На сегодняшний день пять родов и неидентифицированные клады классифицируются в Partitiviridae (Nibert et al., 2014). Филогенетический анализ RdRp показал, что пять LpaRV (1, 2, 4, 5 и 6) являются членами рода Alphapartitivirus , а LpaRV3 принадлежит роду Betapartitivirus . Оба рода содержат вирусы, поражающие растения или грибы (рис. 5; Nibert et al., 2014). Примечательно, что LpaRV1 и LRV1 расположены внутри клады грибковой клады. Поскольку наш образец включал множество других организмов (рис. 2), было трудно определить организм-хозяин, но наши филогенетические данные предполагали, что эти два вируса заражают грибы.

Рисунок 5. Дерево максимального правдоподобия доменов RdRp из репрезентативных членов семейства Partitiviridae и родственных последовательностей (включая LpaRV1-6 и LRV1) на основе аминокислотных остатков. Числа указывают процент поддержки начальной загрузки из 1000 реплик начальной загрузки RAxML. Мы использовали RAxML с моделью RTREV + I + G + F. Цвета названий вирусов указывают на классификацию организма-хозяина: зеленый — растение; коричневый цвет, грибки; черный, другие или непонятно. Розовый цвет представляет новые последовательности лишайника.Все слабо поддерживаемые клады (т. Е. Те, у которых поддержка бутстрапа <50%) были свернуты.

Опубликованной наиболее популярной последовательностью LRV1 в поиске BLASTX был вирус Fusarium graminearum 4 (FgV4), который, как было показано, тесно связан с Partitiviridae , но не классифицирован в это семейство (Yu et al., 2009). Филогенетический анализ партитивирусов и родственных вирусов в этом исследовании показал, что LRV1 и FgV4 образуют кладу с двумя не охарактеризованными предполагаемыми грибковыми РНК-вирусами, но филогенетическое родство между Partitiviridae , Picobirnaviridae (внешняя группа) было не уточняется.Следовательно, мы не смогли предоставить классификацию LRV1 на уровне семьи, как в случае FgV4.

Обсуждение

В этом исследовании все доминантные и предположительно активные РНК-вирусы были отнесены к семейству Partitiviridae или его относительной группе. Среди вирусов, не имеющих ретро-РНК, только Partitiviridae и Endornaviridae являются носителями родов, включающих вирусы растений и грибов. Хотя ни разу не сообщалось об одном партитивирусе, который может инфицировать как растения-хозяев, так и грибов, недавние исследования показали, что несколько вирусов, принадлежащих к другому семейству РНК-вирусов, могут инфицировать как растения-хозяева, так и грибов.Например, было обнаружено, что вирус мозаики огурца, вирус ssRNA с положительным смыслом, принадлежащий к роду Cucumovirus в семействе Bromoviridae , заражает как растения, так и грибы (Andika et al., 2017). Репликация генома нескольких вирусов растений у Tombusviridae и Bromoviridae у гриба (Panavas, Nagy, 2003; Panavas et al., 2005; Inaba and Nagy, 2018) и наоборот (Nerva et al., 2017) под Также сообщалось об условиях эксперимента. Эти наблюдения предполагают, что партитивирусы, обнаруженные в лишайниках в этом исследовании, могут иметь способность реплицироваться как в растениях, так и в грибах, составляющих симбиотический консорциум лишайников.Чтобы подтвердить эту гипотезу, нам необходимо провести лабораторные эксперименты по обнаружению репликации вируса в клетках водорослей после заражения вирусными частицами, выделенными из грибов.

Было высказано предположение, что горизонтальный перенос вируса между разными хозяевами является одной из важных движущих сил эволюции РНК-вируса (Dolja and Koonin, 2017). Кроме того, д-р Руссинк указал, что «у большинства семейств вирусов, члены которых заражают грибы, есть аналоги, заражающие растения, и в некоторых случаях филогенетический анализ этих семейств вирусов указывает на передачу между царством растений и грибами» (Roossinck, 2018) .Сильное взаимодействие между наземными растениями и грибами, обнаруженными в симбиотическом консорциуме лишайников, может предоставить возможность горизонтального переноса вируса. С этой точки зрения, в других симбиозах грибов, таких как микоризные грибы и их растения-хозяева, а также эндофитные грибы и их растения-хозяева, между симбионтами может происходить аналогичная горизонтальная передача вируса. Хотя мы не смогли очертить хозяина каждого вируса с помощью нашего метагеномного подхода, филогенетическая информация о РНК-вирусах, связанных с лишайником, предполагает, что несколько вирусов поражают более высокий таксономический диапазон между растениями и грибами и воздействуют на грибы — Viridiplantae (включая наземные растения и зеленые водоросли). ) взаимодействие.

Секвенирование фрагментированной и лигированной праймером дцРНК позволяет по-новому взглянуть на виромы РНК, связанные с лишайником. Микробный консорциум лишайников мог бы стать модельной системой для понимания коэволюции вируса и хозяина. Сравнение с РНК-виромами, связанными с родственными лишайниками с различными водорослями, также может дать больше информации о специфичности и разнообразии РНК-вирусов и организмов-хозяев. Нас также интересует влияние этих РНК-вирусов на формирование тонкой структуры слоевища лишайников и на симбиотические отношения между грибами и водорослями.

Заявление о доступности данных

, полученные в этом исследовании, доступны в репозитории базы данных GenBank (инвентарные номера DDBJ: BLWB01000001 – BLWB01000058, LC533392 – LC533410) и базе данных краткого архива чтения (инвентарный номер DDBJ: DRA009807).

Взносы авторов

SU, TN, ND и YM разработали исследование. FK и MH провели исследование. Собранные образцы ND и YM. YT, YC и SU проанализировали данные. Рукопись написали все перечисленные авторы.Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

Финансирование

Это исследование было частично поддержано грантом на научные исследования (№№ 18H05368 и 20H05579) от Министерства образования, культуры, спорта, науки и технологий (MEXT) Японии и грантами на помощь для Научные исследования инновационных областей из Японии (№№ 16H06429, 16K21723 и 16H06437).

Конфликт интересов

Это исследование — совместный проект, финансируемый Nippon Gene Co., Ltd. В этом исследовании мы использовали ISOVIRUS, продукт, продаваемый Nippon Gene Co., Ltd. YM и ND используются Nippon Gene Co., Ltd.

Остальные авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.561344 / полный # дополнительный-материал

Дополнительная таблица 1 | Список OTU, кодирующих RdRp, за исключением основных РНК-вирусов.

Дополнительная таблица 2 | Предполагаемые полные геномы РНК-вирусов, полученные из лишайников.

Список литературы

Андика, И. Б., Вей, С., Цао, К., Салаипет, Л., Кондо, Х., и Сан, Л. (2017). Фитопатогенный гриб является хозяином растительного вируса: встречающейся в природе межцарской вирусной инфекции. Proc. Natl. Акад.Sci. США 114, 12267–12272. DOI: 10.1073 / pnas.1714916114

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Камачо, К., Кулурис, Г., Авагян, В., Ма, Н., Пападопулос, Дж., Билер, К. и др. (2009). BLAST +: архитектура и приложения. BMC Bioinformatics 10: 421. DOI: 10.1186 / 1471-2105-10-421

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Капелла-Гутьеррес, С., Силла-Мартинес, Х. М., и Габальдон, Т.(2009). trimAl: инструмент для автоматической обрезки выравнивания в крупномасштабном филогенетическом анализе. Биоинформатика 25, 1972–1973. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btp348

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Деккер, К. Дж., Штайнер, Х. Р., Хун-Хэнкс, Л. Л., Моррисон, Дж. Х., Хейст, К. К., Стабелл, А. С., и др. (2019). dsRNA-Seq: идентификация вирусной инфекции путем очистки и секвенирования dsRNA. Вирусы 11: 943. DOI: 10.3390 / v11100943

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Доля, В.В., Кунин Е.В. (2017). Метагеномика меняет представления об эволюции РНК-вируса, обнаруживая обширный горизонтальный перенос вируса. Virus Res. 244, 36–52. DOI: 10.1016 / j.virusres.2017.10.020

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Du, Z. Y., Zienkiewicz, K., Vande Pol, N., Ostrom, N. E., Benning, C., and Bonito, G.M. (2019). Симбиоз водорослей и грибов приводит к фотосинтетическому мицелию. eLife 8: e47815.

Google Scholar

Фукасава, Ф., Hirai, M., Takaki, Y., Shimane, Y., Thomas, C.E., Urayama, S., et al. (2020). Новый полиципивирус, идентифицированный в Colobopsis shohki . Arch. Virol. 165, 761–763. DOI: 10.1007 / s00705-019-04510-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Gruber-Vodicka, H.R., Seah, B.K., and Pruesse, E. (2019). phyloFlash — быстрое профилирование рРНК SSU и нацеленная сборка из метагеномов. bioRxiv [Препринт] doi: 10.1101 / 521922

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Онеггер, Р., Эдвардс, Д., и Акс, Л. (2013). Самые ранние записи о внутренне стратифицированных цианобактериальных и водорослевых лишайниках из нижнего девона валлийского пограничья. New Phytol. 197, 264–275. DOI: 10.1111 / nph.12009

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Kadoya, S.-S., Urayama, S.-I., Nunoura, T., Hirai, M., Takaki, Y., Kitajima, M., et al. (2020). Зависящие от размера узкого места изменения генетического разнообразия и удельной скорости роста штамма ротавируса. Дж. Вирол . 94, e02083–19.

Google Scholar

Колер А., Куо А., Надь Л. Г., Морин Э., Барри К. В., Бускот Ф. и др. (2015). Конвергентные потери механизмов распада и быстрый оборот генов симбиоза у микоризных мутуалистов. Nat. Genet. 47: 410. DOI: 10,1038 / нг. 3223

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Копылова Э., Ноэ Л., Тузе Х. (2012). SortMeRNA: быстрая и точная фильтрация рибосомных РНК в метатранскриптомических данных. Биоинформатика 28, 3211–3217. DOI: 10.1093 / биоинформатика / bts611

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Лутцони, Ф., Новак, М. Д., Альфаро, М. Э., Риб, В., Мядликовска, Дж., Круг, М. и др. (2018). Одновременное излучение грибов и растений связано с симбиозом. Nat. Commun. 9: 5451.

Google Scholar

Miadlikowska, J., Kauff, F., Hofstetter, V., Fraker, E., Grube, M., Hafellner, J., et al. (2006).Новый взгляд на классификацию и эволюцию Lecanoromycetes (Pezizomycotina, Ascomycota) на основе филогенетического анализа трех рибосомных РНК и двух генов, кодирующих белок. Mycologia 98, 1088–1103. DOI: 10.3852 / mycologia.98.6.1088

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Миллер С.С., Бейкер Б.Дж., Томас Б.С., Сингер С.В. и Бэнфилд Дж. Ф. (2011). EMIRGE: реконструкция полноразмерных рибосомных генов на основе данных короткого чтения микробного сообщества. Genome Biol. 12, R44.

Google Scholar

Мур Д., Робсон Г. Д. и Тринчи А. П. (2020). Путеводитель по грибам 21 века. Кембридж: Издательство Кембриджского университета.

Google Scholar

Muggia, L., Leavitt, S., and Barreno, E. (2018). Скрытое разнообразие лишайников Trebouxiophyceae (Chlorophyta). Phycologia 57, 503–524. DOI: 10.2216 / 17-134.1

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нельсен, М.П., Люкинг, Р., Бойс, К. К., Лумбш, Х. Т., и Ри, Р. Х. (2020). Нет доказательств появления лишайников до эволюции сосудистых растений. Геобиология 18, 3–13. DOI: 10.1111 / gbi.12369

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Нерва Л., Варезе Г., Фальк Б. и Турина М. (2017). Миковирусы эндофитного гриба могут реплицироваться в растительных клетках: последствия для эволюции. Sci. Rep. 7: 1908.

Google Scholar

Ниберт, М.Л., Габриал, С. А., Мейс, Э., Лескер, Т., Вайнио, Э. Дж., Цзян, Д. и др. (2014). Таксономическая реорганизация семейства Partitiviridae и другие недавние достижения в исследованиях партитивирусов. Virus Res. 188, 128–141. DOI: 10.1016 / j.virusres.2014.04.007

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Панавас, Т., и Надь, П. Д. (2003). Дрожжи в качестве модельного хозяина для изучения репликации и рекомбинации дефектной интерферирующей РНК вируса кустарникового роста томатов. Вирусология 314, 315–325. DOI: 10.1016 / s0042-6822 (03) 00436-7

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Панавас Т., Сервиене Э., Брашер Дж. И Надь П. Д. (2005). Полногеномный скрининг дрожжей выявляет разные наборы генов-хозяев, влияющих на репликацию РНК-вирусов. Proc. Natl. Акад. Sci. США 102, 7326–7331. DOI: 10.1073 / pnas.0502604102

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Петрзик К., Колонюк И., Сехадова, Х., Саркисова, Т. (2019). Хризовирусы населяли симбиотические грибы лишайников. Вирусы 11.

Google Scholar

Петрзик К., Вондрак Ю., Бартак М., Пекса О. и Кубешова О. (2013). Лишайники — новый источник или еще неизвестный хозяин вирусов травянистых растений? Eur. J. Plant Pathol. 138, 549–559. DOI: 10.1007 / s10658-013-0246-z

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Quast, C., Pruesse, E., Yilmaz, P., Gerken, J., Schweer, T., Yarza, P., et al. (2012). Проект базы данных генов рибосомных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты. Nucleic Acids Res. 41, D590 – D596.

Google Scholar

Реми У., Тейлор Т. Н., Хасс Х. и Керп Х. (1994). Везикулярная арбускулярная микориза возрастом четыреста миллионов лет. Proc. Natl. Акад. Sci. США 91, 11841–11843. DOI: 10.1073 / pnas.91.25.11841

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Русинк, М.J., Saha, P., Wiley, G. B., Quan, J., White, J. D., Lai, H., et al. (2010). Экогеномика: использование массового параллельного пиросеквенирования для понимания экологии вирусов. Mol. Ecol. 19 (Приложение 1), 81–88. DOI: 10.1111 / j.1365-294x.2009.04470.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Shi, M., Lin, X. D., Chen, X., Tian, ​​J.H., Chen, L.J., Li, K., et al. (2018). История эволюции РНК-вирусов позвоночных. Природа 556, 197–202. DOI: 10.1038 / s41586-018-0012-7

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Shi, M., Lin, X. D., Tian, ​​J. H., Chen, L.J., Chen, X., Li, C. X., et al. (2016). Новое определение виросферы РНК беспозвоночных. Природа 540, 539–543. DOI: 10.1038 / природа20167

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Стюард, Г. Ф., Калли, А. И., Мюллер, Дж. А., Вуд-Чарлсон, Э. М., Белкейд, М., и Пуассон, Г. (2013). Мы упускаем половину вирусов в океане? ISME J. 7, 672–679. DOI: 10.1038 / ismej.2012.121

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Сугиура, Н. (1978). Дальнейшая аналитика данных по информационному критерию акаике и конечным исправлениям. Commun. Стат. Теор. Методы 7, 13–26. DOI: 10.1080 / 03610927808827599

CrossRef Полный текст | Google Scholar

Тамура К., Стечер Г., Петерсон Д., Филипски А. и Кумар С. (2013). MEGA6: анализ молекулярной эволюционной генетики, версия 6.0. Мол. Биол. Evol. 30, 2725–2729. DOI: 10.1093 / molbev / mst197

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Танабэ А.С. (2011). Kakusan4 и Aminosan: две программы для сравнения неразмеченных, пропорциональных и раздельных моделей для комбинированного молекулярно-филогенетического анализа данных мультилокусных последовательностей. Mol. Ecol. Ресурс. 11, 914–921. DOI: 10.1111 / j.1755-0998.2011.03021.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ураяма, С., Такаки, ​​Ю., Хагивара, Д., и Нуноура, Т. (2020). dsRNA-seq выявляет новый РНК-вирус и вирусоподобные предполагаемые полные последовательности генома из Hymeniacidon sp. Губка. Microbes Environ. 35, ME19132.

Google Scholar

Ураяма, С., Такаки, ​​Ю., и Нуноура, Т. (2016). FLDS: Комплексный метод секвенирования дцРНК для надзора за внутриклеточными РНК-вирусами. Microbes Environ. 31, 33–40. DOI: 10.1264 / jsme2.me15171

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ураяма, С., Такаки, ​​Ю., Нуноура, Т., и Миямото, Н. (2018a). Полная последовательность генома нового РНК-вируса, идентифицированного у глубоководного животного. Osedax japonicus . Microbes Environ. 33, 446–449. DOI: 10.1264 / jsme2.me18089

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Ураяма С., Такаки Ю., Ниси С., Йошида-Такашима Ю., Дегучи С., Такай К. и др. (2018b). Раскрытие виросферы РНК, связанной с морскими микроорганизмами. Mol. Ecol.Ресурс. 18, 1444–1455. DOI: 10.1111 / 1755-0998.12936

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Уайт, Дж. Ф. младший, и Торрес, М. С. (2009). Защитный мутуализм в микробном симбиозе. Бока-Ратон, Флорида: CRC Press.

Google Scholar

Ю., Дж., Квон, С. Дж., Ли, К. М., Сон, М., и Ким, К. Х. (2009). Полная нуклеотидная последовательность двухцепочечных РНК вирусов из штамма DK3 Fusarium graminearum. Arch. Virol. 154, 1855–1858.DOI: 10.1007 / s00705-009-0507-5

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

экологов — «лишайники» — новая удивительная находка в кампусе

Расположенный рядом с оживленной дорожкой в ​​кампусе Сторрс, здесь находится то, чего не видели в Коннектикуте более 100 лет. Велика вероятность, что вы проходили мимо них регулярно и не заметили поразительных экземпляров Teloschistes chrysophthalmus или «золотоглазого лишайника», яркого сообщества грибов и водорослей, которые, казалось бы, прячутся у всех на виду.Находка была задокументирована в статье, опубликованной в журнале The Bryologist , она вызвала неожиданный проект по сохранению и служит прекрасным примером того, как все открытия происходят вокруг нас .

Ярко-оранжевые лишайники были замечены соавтором Генри Фраем, докторантом и ботаником, который из-за отсутствия цветущих растений, которые можно было бы исследовать в разгар зимы, решил больше узнать о лишайниках, которые присутствуют круглый год. Он достал книгу из библиотеки Калифорнийского университета и принялся исследовать, что это за пятна на деревьях и камнях.

Фрай вскоре наткнулся на поразительные экземпляры, живущие на деревьях, посаженных на территории кампуса около 15 лет назад. Предчувствуя, что рассматриваемые блестящие пятна могут быть чем-то редким, Фрай написал по электронной почте постоянным экспертам по лишайникам и соавторам профессору Бернарду Гоффине и докторанту Захари Маскавичу.

«Это мог быть мой второй или третий лишай, который я пытался идентифицировать, поэтому я обратился, чтобы дважды проверить», — говорит Фрай.

Гоффине и Маскавич подтвердили догадку: «Оказалось, что это был золотой глаз», — говорит Фрай.«Забавно, что вы можете найти что-то подобное прямо в кампусе, прямо на тротуаре, где тысячи людей проходят мимо каждый день».

«Это ярко-золотой цвет, он как бы выпрыгивает, и в кампусе не так много всего, что окрашивает», — говорит Маскавич, который указывает, что, несмотря на эффектную окраску золотого глаза, лишайники обычно не замечаются, а люди редко их замечаешь.

Такое отсутствие осведомленности о лишайниках может быть связано с представлением о том, что лишайники — это неважные, статичные и неинтересные «организмы», — говорит Гоффине,

«Эти организмы прозрачны для большинства людей; большинство людей их не замечает.Это подчеркивает уровень разнообразия, о котором мы даже не подозреваем ».

Гоффине, хотя и не замечен, объясняет, что лишайники играют неотъемлемую роль в экосистеме, такую ​​как обеспечение биомассы и круговорот питательных веществ в системе, способствуя развитию почвы. Они также являются важными индикаторами здоровья экосистемы, поскольку они зависят от воздуха в качестве питательных веществ и влаги. Такие факторы, как загрязнение воздуха и кислотные дожди, привели к сокращению количества лишайников, а также к разрушению и развитию среды обитания.Лишайники также очень медленно растут, что может затруднить их изучение.

«Золотоглазый лишайник раньше находили по всей Новой Англии, в последний раз он был задокументирован в Коннектикуте в 1911 году», — говорит Фрай. «Мы думаем, что они уменьшились из-за загрязнения окружающей среды и волнений, таких как ураганы. Их упадок, вероятно, был результатом сочетания человеческих и природных факторов и, вероятно, нескольких других ».

В статье исследователи утверждают, что повторное обнаружение лишайника в университетском городке является результатом повторной интродукции.Золотоглазка растет на четырех одинаковых видах неместных деревьев, посаженных одновременно. Вместе с ним растут другие виды, ранее не известные в штате, что позволяет предположить, что их совместное появление на одних и тех же деревьях вряд ли объясняется только случайной иммиграцией.

Кроме того, «Лишайник — это ассоциация водоросли и грибка. Есть как минимум два члена, и для того, чтобы лишайник появился где-то в другом месте, оба члена должны разойтись, и они могут разойтись вместе или нет.Они могут распространяться ветром или несколькими векторами », — говорит Гоффине. «Где бы они ни приземлялись, это не обязательно означает, что они там будут расти. При обнаружении в кампусе нескольких лишайников Teloschistes возникает вопрос, как они вернулись в Коннектикут? Все они растут на неаборигенных древесных породах, и их присутствие здесь лучше всего объясняется принудительным расселением или расселением с помощью человека. Эти питомники были посажены 15 лет назад, поэтому лишайники выжили в течение этого периода, что говорит о том, что условия были подходящими, по крайней мере, достаточно хорошими для выживания.”

Фрай указывает на еще один важный аспект этого открытия — хотя условия окружающей среды достаточно благоприятны для лишайников, чтобы снова называть кампус своим домом, деревья, на которых медленно растут лишайники, быстро умирают,

«Деревья не в порядке; почва уплотнена, засоление тротуаров привело к повреждению деревьев. Наиболее вероятное решение — рубить деревья, потому что они на последнем издыхании. Мы рассматривали возможность пересадки лишайников, чтобы увидеть, как это будет работать, и мы могли оценить различные способы сделать это.На данный момент он превратился в небольшой природоохранный проект. Прямо сейчас мы обсуждаем, куда их переместить ».

Находка вызвала важные дебаты, над которыми команда размышляла; следует ли сохранить Teloschistes , поскольку, хотя он когда-то был родным, он был случайно повторно введен здесь? А как насчет других видов, обитающих на деревьях, которые не являются местными, и, следовательно, интродукций? Что заслуживает сохранения?

Помимо вопросов сохранения, находка Фрая подчеркивает, что чудеса есть повсюду вокруг нас, — говорит Гоффине,

«На заднем дворе есть много открытий, далеко ходить не надо.Это видное место в кампусе, но прошло 15 лет после посадки деревьев, прежде чем кто-то заметил ».

Авторы надеются, что находка вызовет любопытство и признание лишайников. Маскавич добавляет, что в области лихенологии новые открытия делаются как экспертами, так и неспециалистами, и есть чему поучиться,

«В некотором смысле хорошо, что область лихенологии не насыщена. Любители сделали огромное количество открытий лишайников.Это здорово, что публика может участвовать. С каждым днем ​​люди описывают все больше видов. Меньше исследователей, но есть еще много дел ».

Cryptothecia rubrocincta, Рождественский лишайник — гриб месяца Тома Волка за декабрь 2006 г.

Грибок этого месяца — красивый лишайник, обнаруженный на побережье Мексиканского залива в Соединенных Штатах, вдоль Мексики и Центральной Америки до тропиков Южной Америки. . Его также можно найти на прибрежной равнине Флориды через Северную Каролину. Cryptothecia rubrocincta обычно называют рождественским лишайником из-за его яркого красно-зеленого цвета. Красный цвет часто как венок опоясывает слоевище лишайника. На самом деле эпитет « rubrocincta » означает «красный венок». Иногда этот вид называют лишайником рождественского венка. Это действительно один из самых впечатляющих видов лишайников.

Лишайник — это мутуалистическая связь между грибком (микобионтом) и водорослью или цианобактерией (фотобионтом).Фотобионт обеспечивает грибного партнера сахаром от фотосинтеза, в то время как микобионт обеспечивает защиту водорослей или цианобактерий от окружающей среды. Этот симбиоз позволяет лишайнику расти в очень негостеприимной среде, например, на открытых камнях и надгробиях. Рождественский лишайник обычно находится по бокам деревьев на открытых участках, которые получают много солнечного света, часто в местах, где много пальметто. Я расскажу больше об этом позже.

Существует около 15 000 видов лишайников, почти все из них Ascomycota.Лихенизированные грибы можно найти в 16 отрядах, 5 из которых полностью состоят из грибов, образующих лишайник. Грибок определяет форму лишайника. Обычно размножение грибкового партнера можно наблюдать с помощью маленьких чашечек, называемых апотециями, но у Cryptothecia половое размножение неизвестно.

Существует более 24 родов фотобионтов; более 70% поступает из Chlorophyta, зеленых водорослей. Представлено восемь родов цианобактерий (сине-зеленые водоросли). Более 90% лишайников содержат фотобионты из Trebouxia (75% в зонах умеренного климата), Pseudotrebouxia , Trentepohlia или Nostoc .Большинство из них не живут свободно, что означает, что они зависят от грибка как источника средств к существованию.

Лишайники всех типов растут чрезвычайно медленно, частично из-за того, что они находятся в оптимальных условиях роста всего на несколько часов утром, когда еще достаточно влаги от тумана, росы или недавно растаявшего снега, чтобы позволить фотосинтезу протекать с оптимальной скоростью Среднегодовой темп прироста обычно менее 1 мм — известный рекорд — 4 мм. Вы почти можете наблюдать, как они растут. (ха!)

Два лишайника уже стали грибами месяца: Cladonia cristatella , британский солдатский лишайник, и Cladonia rangifera , один из оленьих лишайников.Я включил более подробную информацию о лишайниках на обе эти страницы, поэтому я не буду повторять эту информацию здесь.

Химия очень важна для идентификации лишайников. Существует ряд индикаторных химических веществ, которые попадают на слоевище лишайника — многие лишайники меняют цвет, когда на слоевище падает щелочное химическое вещество, такое как 3% раствор гидроксида калия. В этом случае естественный красный цвет Cryptothecia rubrocincta является результатом химической хиодектоновой кислоты (Edwards et al., 2004). В лишайниках содержится много интересных химических веществ. Лихенологи подозревают, что различные химические вещества действуют как защита лишайников, помогая предотвратить их поедание насекомыми или другими животными. Рождественский лишайник фактически используется в Бразилии для изготовления красок.

Мне посчастливилось собирать грибы на побережье Мексиканского залива несколько раз вместе с Микологическим обществом государств Персидского залива (в основном с Тоби Фейбельманом и Биллом Сибулой) и Техасским микологическим обществом.Люди с Юга очень милые и знают свою микологию! Для такого северянина, как я, еще одним преимуществом является то, что я могу отправиться на побережье Персидского залива за сбором, когда здесь, в Висконсине, холодно и снежно. Вы не можете победить это. Еще я был там летом, когда очень жарко и душно — это, знаете ли, субтропическое.

Из-за своего местоположения грибы на побережье Персидского залива представляют собой интересное сочетание видов умеренного климата и тропических видов. В зимние месяцы можно увидеть многие виды, типичные для северных районов, а летом появляются тропические виды.Споры многих из этих тропических видов разносятся с Карибских островов и Южной Америки во время ураганов и других штормов.

Местность, где я нашел рождественский лишайник, обычно очень песчаная и очень сухая, ведущая к деревьям и пальметтам, которые находятся очень далеко друг от друга, как на картинке слева. Это позволяет большому количеству солнечного света достигать лишайников, поэтому эти районы пальметто также являются отличным местом для многих других видов лишайников. Лишайники могут выжить там, где растения не могут, потому что они могут выжить с очень небольшим количеством воды.Конкретная область во Флориде, где я сделал снимок слева, была смесью пальметто и длиннолистной сосны, у которой, пожалуй, самая странная история роста среди всех сосен.

Конечно, существует опасность скопления на побережье Персидского залива, которая не встречается в более северных местах обитания — например, аллигаторов! Будьте осторожны, если собираете на краю водного пути, где обитают аллигаторы. Наклоняясь над водой, чтобы собрать гриб на торчащей палке, вы можете получить больше, чем вы ожидали, если там прячется аллигатор!

Слева вы можете увидеть одну из набегов GSMS во Флориде, а в центре — Билл Сибула, который много лет был гуру микологии на юге.Билл большую часть своей карьеры проработал микологом в НАСА, впервые разработав дистанционное зондирование грибов. Всегда очень новаторский, он смог связать здоровье леса, показанное на спутниковых снимках, с исследованиями грибов в самих лесах. Билл также какое-то время работал над выращиванием грибов на отходах в условиях невесомости в ожидании колонизации Луны или Марса. Билл также был ярым сторонником микологов-любителей и был микологом во многих набегах GSMS и других набегах по всей стране.Мы скучаем по тебе, Билл.

Надеюсь, вам понравилось узнать о Cryptothecia rubrocincta , рождественском лишайнике. Если вы побываете в другой части света, всегда найдется что-нибудь интересное. Я надеюсь, что у вас будут счастливые праздники.

Если вам есть что добавить, или если у вас есть исправления, комментарии или рекомендации для будущих FotM (или, может быть, вы хотите стать соавтором FotM?), Напишите мне по телефону

. Для рождественского угощения, нажмите здесь, чтобы увидеть «Грибы, необходимые для счастливого Рождества.»

Узнайте больше о грибах! Перейти на домашнюю страницу Tom Volk’s Fungi —TomVolkFungi.net

Вернуться к списку страниц «Грибок месяца Тома Волка»

Профессор обнаружил новые виды лишайников в городе Боулдер | CU Boulder Сегодня

Ученый из Университета Колорадо в Боулдере неожиданно обнаружил два новых для науки вида лишайников за одну и ту же неделю, проводя исследования в Боулдере, Колорадо, недалеко от восточной границы города.

После целого дня полевых работ по инвентаризации лишайников в Белых скалах, Эрин Трипп возвращалась к своей машине, когда ее внимание привлек незнакомый лишайник. Позже на той неделе Трипп обнаружила второй вид лишайников, который, как она подозревала, также мог быть новым видом.

Трипп, куратор ботаники Музея естественной истории Университета Колорадо и доцент кафедры экологии и эволюционной биологии, сотрудничал с экологом Линн Ридель и другими сотрудниками программы открытых пространств и горных парков города Боулдера (OSMP) по инвентаризации. лишайники вдоль скал из песчаника, составляющие Белые скалы.

Лишайники — сложные формы жизни, состоящие как минимум из двух отдельных организмов, в первую очередь гриба и водоросли, которые образуют симбиотические отношения. Они могут жить, например, на почве, камнях, коре деревьев, песке пустыни, костях животных и ржавом металле.

«Если вы хотите изучать колорадские лишайники, приходите сюда, в гербарий музея на территории кампуса, где находится одна из самых важных коллекций лишайников в стране», — сказал Трипп. «Новые виды обычно встречаются в менее доступных частях мира, а не в городских пределах крупного мегаполиса.Тем не менее, эти два новых вида стали для науки в 10 минутах езды от CU-Boulder, который имеет очень долгую историю исследований в области лихенологии ».

Два вида, обнаруженные Триппом, Candelariella clarkii и Lecidea hoganii, , в настоящее время известны только по их популяциям на Белых скалах. Они отличаются своей морфологией, анатомией и ДНК. Один имеет харизматичный желтовато-зеленый цвет, а другой отличается заметно приподнятыми плодовыми телами с розовым оттенком внутри.

Обширная ботаническая коллекция Гербария требует самоотверженных усилий двух менеджеров коллекций, которые сохраняют и помогают куратором около 550 000 образцов со всего мира, некоторым из которых более 150 лет. В знак признания приверженности сотрудников расширению знаний о ботанике Колорадо Трипп назвал два новых вида в честь Дины Кларк и Тима Хогана, менеджеров коллекций Гербария.

«Тим и Дина работают бесконечно и посвятили свою карьеру созданию и сохранению коллекции, а также распространению ее ресурсов на других», — сказал Трипп.«Когда я увидел эти виды в поле, я сразу подумал о Дине и Тиме, а также о почитании их карьеры через эпонимию».

Трипп подтвердил, что эти два лишайника ранее были неизвестны науке, благодаря обширному изучению коллекций гербария, а также чтению литературы, исторической и современной. Анализ ДНК, проведенный в молекулярной лаборатории Триппа, подтвердил, что оба они были неизвестны науке. Два новых вида были официально описаны в сотрудничестве с коллегой Джеймсом Лендемером из ботанического сада Нью-Йорка в последнем выпуске журнала The Bryologist .

Кроме того, чтобы облегчить исследование лишайников и их сохранение в городе Боулдер, Трипп подготовила полевой справочник по 57 видам лишайников, встречающихся в Белых скалах, с фотографиями с высоким разрешением, которые она сделала в полевых условиях. Эта книга в настоящее время проходит рецензирование в The University Press of Colorado. Она также является автором статьи о лишайниковой биоте Белых Скал, которая скоро будет опубликована в журнале Western North American Naturalist .

В Белых скалах необычная геология, южная экспозиция и наличие воды, сосредоточенной в кратковременных источниках, поддерживают разнообразную растительность и диких животных и позволяют другим организмам, таким как недавно обнаруженные лишайники, процветать на обнажениях песчаника.Защищенные, влажные и тенистые «микробытовые среды», создаваемые выступами скал формации, также вносят свой вклад в сложную экосистему, расположенную вдоль скал из песчаника.

Штат Колорадо определил участок Уайт Рокс площадью 100 акров в качестве государственной природной зоны из-за его высокой экологической ценности, поскольку он обеспечивает среду обитания для необычных и редких видов растений и животных. Открытое пространство, окружающее Белые скалы, является домом для чувствительных диких животных, в том числе белоголовых орланов, северных леопардовых лягушек, северных луней и равнинных гольянов.

«Тот факт, что Уайт Рокс находится в море застройки городского треугольника Боулдер-Лонгмонт-Денвер, делает заповедник еще более особенным с экологической точки зрения», — сказал Трипп.

Из-за деликатных экологических особенностей Белых скал OSMP обеспечивает доступ общественности к этому району только летом во время походов под руководством персонала.

«Каждый год OSMP работает с исследователями, чтобы помочь нам узнать больше о землях, которыми мы управляем», — сказал Брайан Анакер, менеджер по исследованиям и данным OSMP.«Их исследования предоставляют важную информацию, которая помогает нам защищать, управлять и восстанавливать среду обитания, а также понимать, как люди наслаждаются разнообразным отдыхом на открытом пространстве города».

Как будто открытия двух новых видов лишайников в этом небольшом заповеднике было недостаточно, Трипп, возможно, обнаружил еще два дополнительных вида лишайников, которые, возможно, являются новыми для науки. Она все еще изучает их, чтобы подтвердить свою теорию.

«Открытие новых видов в относительно густонаселенных регионах Северной Америки иллюстрирует экологическую значимость небольших участков естественной среды обитания, которые, несомненно, станут еще более важными в будущем», — сказал Трипп.«Моя долгосрочная цель — расширить изучение лихенологии в Колорадо и в конечном итоге произвести полную инвентаризацию того, что у нас есть по всему штату».

Контактное лицо:
Эрин Трипп, 303-492-2462
[email protected]
Филип Йейтс, коммуникация City of Boulder Open Space и Mountain Parks, 720-564-2051
[email protected]
Kenna Bruner, CU -Boulder media Relations, 303-492-6436
[email protected]

Нитидный лишай | Beacon Health System

Обзор

Нитидный лишай (LIE-kun ni-TIE-dus) — это редкое заболевание кожи, которое обычно проявляется в виде крошечных блестящих бугорков цвета кожи на поверхности кожи.Нитидный лишай возникает в результате аномальной воспалительной активности клеток кожи, но причина воспаления неизвестна.

Хотя нитидный лишай может поразить любого, он обычно развивается у детей и молодых людей. Нитидный лишай редко вызывает дискомфорт и обычно проходит самостоятельно без лечения.

Нитидный лишай не увеличивает риск рака кожи и не является инфекционным заболеванием, которое может передаваться другим людям.

Симптомы

Нитидный лишай проявляется в виде скоплений крошечных блестящих бугорков (папул).Характеристики шишек следующие:

• Размер. Неровности варьируются от мелких до булавочных головок.
• Форма. Это плоские и круглые.
• Цвет. Шишки обычно того же цвета, что и ваша кожа. Они могут быть слегка розовыми у людей со светлой кожей или светлее обычного цвета кожи у людей с более темной кожей.
• Расположение. Нитидный лихен встречается на груди, животе, руках и половых органах, включая половой член.Они редко возникают на ладонях, подошвах стоп или ногтях. Нитидный лишай может исчезнуть на одном участке тела, но затем появиться на другом.
• Зуд. В редких случаях бугорки нитидного лишая могут чесаться, иногда очень сильно. Они могут появиться на линии, где есть царапина, складка или постоянное давление на кожу, например, складка кожи на животе или складка кожи на внутренней стороне локтя или запястья.

Когда обращаться к врачу

Обратитесь к врачу, если на коже появляются крошечные бугорки или сыпь без видимой причины, например, при известной аллергической реакции или контакте с ядовитым плющом.Поскольку ряд состояний может вызывать кожные реакции, лучше всего поставить быстрый и точный диагноз.

Немедленно обратитесь за помощью, если состояние вашей кожи сопровождается другими признаками и симптомами, такими как:

• Лихорадка
• Зуд
• Гной или сочится из сыпи

Причины

Причина нитидного лишая неизвестна. Появляющиеся папулы являются результатом воспаления, контролируемого лейкоцитами, называемыми Т-лимфоцитами.Обычно эти клетки излечивают болезнь или травму, например, порез на пальце. Врачи и исследователи не знают, что вызывает активацию Т-лимфоцитов при нитидном лихене.

Факторы риска

Нитидный лишай с большей вероятностью развивается у детей и молодых людей.

Связь с другими болезнями

Поскольку нитидный лишай встречается редко, большая часть информации о заболевании известна из отдельных случаев или небольших исследований. Связи между нитидным лишаем и другими заболеваниями не совсем понятны, но они могут включать:

• Красный плоский лишай, воспалительное состояние, обычно характеризующееся пятнами красного или пурпурного цвета с плоской вершиной и зудом на коже или кружевными белыми пятнами на слизистых оболочках рта
• Атопический дерматит (экзема), воспалительное состояние кожи, обычно характеризующееся сухими зудящими высыпаниями на лице, внутренней стороне локтя, за коленями, а также на руках и ногах
• Болезнь Крона, воспаление слизистой оболочки пищеварительного тракта, которое может привести к боли в животе, сильной диарее и недоеданию
• Юношеский ревматоидный артрит, воспалительное заболевание, вызывающее стойкую боль в суставах, отек и скованность
• Туберкулез, инфекционное заболевание, наиболее часто поражающее легкие

Осложнения

Нитидный лишай — это безвредное заболевание, которое не приводит к долгосрочным проблемам с кожей или медицинским осложнениям.Однако появление нитидного лишая может вызвать у человека застенчивость или смущение.

Диагноз

Ваш врач или дерматолог поставит диагноз нитидного лишая или другого кожного заболевания на основе предоставленной вами информации о симптомах и тщательного исследования кожных аномалий.

Ваш врач может использовать увеличительное стекло, чтобы осмотреть вашу кожу. Или он или она может взять небольшой образец ткани (биопсия) и посмотреть на него под микроскопом.

Лечение

У большинства людей нитидный лишай длится от нескольких месяцев до года.Состояние обычно проходит само по себе без лечения. После того, как он прояснится, внешний вид кожи обычно нормальный, без рубцов или необратимого изменения цвета кожи.

Если нитидный лишай вызывает зуд или у вас есть опасения по поводу своего внешнего вида или внешнего вида вашего ребенка, ваш врач может назначить одно из следующих лекарств:

• Кортикостероиды могут уменьшить воспаление, связанное с нитидным лишаем. Побочные эффекты варьируются в зависимости от того, используется ли она в виде мази, наносимой непосредственно на кожу (местно) или принимаемой в виде таблеток (перорально).Длительное применение местных кортикостероидов может вызвать истончение кожи, снижение лечебного эффекта и другие проблемы с кожей. Длительный прием пероральных кортикостероидов может вызвать ослабление костей (остеопороз), диабет, высокое кровяное давление и высокий уровень холестерина.

• Ретиноид — синтетическая версия витамина А, которая может применяться для местного или перорального применения. Местное лечение не вызывает побочных эффектов, связанных с кортикостероидами, но может раздражать кожу.

  Поскольку ретиноид может вызывать врожденные дефекты, его не следует использовать беременным женщинам или женщинам, которые могут забеременеть. Ваш врач посоветует вам необходимые меры предосторожности.

• Другие лекарства местного действия. Препарат для местного применения такролимус (Протопик) помогает подавить иммунный ответ и может быть полезен при нитидном лихене. Возможные побочные эффекты включают покалывание, жжение и зуд в месте нанесения лекарства. Этот препарат нельзя использовать вместе с фототерапией.Ограничьте пребывание на солнце при использовании такролимуса и не используйте солярии во время лечения.
• Антигистаминные препараты действуют против белка гистамина, который участвует в воспалительной активности. Пероральный или местный антигистаминный препарат может облегчить зуд, связанный с нитидным лишаем.
• Фототерапия, вид световой терапии , может помочь избавиться от нитидного лишая. В одном из них используется ультрафиолетовый свет A (UVA), который проникает глубоко в кожу. Эта терапия обычно используется в сочетании с лекарствами, которые делают кожу более чувствительной к УФА-лучам.Другой тип использует узкополосный ультрафиолетовый свет B (UVB). После фототерапии важно избегать пребывания на солнце в течение нескольких дней. Кроме того, для защиты глаз необходимо несколько дней носить специальные солнцезащитные очки, поглощающие УФ-лучи.

Подготовка к встрече

Скорее всего, вы начнете с посещения педиатра вашего ребенка или лечащего врача, если ваш ребенок или вы страдаете кожным заболеванием. Затем вас могут направить к специалисту по кожным заболеваниям (дерматологу).

Вот некоторая информация, которая поможет вам подготовиться к встрече.

Что вы можете сделать

Перед назначением составьте список из:

• Симптомы, которые были у вас или вашего ребенка, включая любые, которые могут показаться не связанными с причиной, по которой вы записались на прием
• Все лекарства, витамины и пищевые добавки, которые вы или ваш ребенок принимаете
• Вопросы к врачу

В отношении нитидного лишая вам следует задать врачу следующие основные вопросы:

• Какая наиболее вероятная причина моих симптомов?
• Нужны ли мне тесты?
• Как долго продлится это состояние?
• Какие методы лечения доступны и какие вы рекомендуете?
• Какие побочные эффекты можно ожидать от лечения?
• Существуют ли какие-либо ограничения на то, какие продукты я использую для ухода за кожей?
• Есть ли альтернатива лекарству, которое вы мне прописываете?
• У вас есть брошюры или другие печатные материалы, которые я могу взять с собой? Какие сайты вы рекомендуете посещать?

Чего ожидать от врача

Ваш врач, вероятно, задаст вам ряд вопросов, например:

• Когда вы впервые заметили появление крошечных шишек?
• Где расположены пятна неровностей?
• Изменился ли внешний вид бугорков со временем?
• Чешутся ли шишки? Сколько или как часто?
• Что-нибудь еще раздражает сайт, например, мыло или лосьоны?
• Есть ли известные аллергии?
• Страдали ли вы или ближайшие члены семьи атопической экземой, астмой или сенной лихорадкой?

Последнее обновление: 13 ноября 2020 г.